中國的超級計算機可謂全球聞名，在多年全球超級計算機排名中，都能看到中國超算的“身影”位居前列。但客觀地說，中國在超算應用軟件方面，發展卻相對不夠均衡。
需求旺盛、軟件缺乏，超算的能力如何施展？在深圳，政府主管部門要求超級運算的能力服務于這個城市乃至區域的創新和產業發展，打造成高性能計算應用軟件國內最多的超算中心。
為了更好發揮超級計算機硬件平臺，超算中心購置1億元軟件資源，囊括了化學計算、生物計算、電磁學、工業仿真、流體計算、動畫渲染、建筑設計、數學計算、氣象預報、材料模擬、固體力學等領域的軟件平臺。目前，深圳超算中心成為軟件種類與數量最多的超算中心。
科學計算類的軟件有Gaussian、Sybyl、ADF、Matlab等；工程仿真有Fluent、Ansys、CFX、Nastran等；圖形圖像有3ds Max、Maya等。中心配備了齊全的科學計算軟件，為高等院校、科研機構和企事業單位等提供良好的計算模擬平臺來進行科學研究，大幅節約科研成本，縮短研發周期一半以上。它的誕生，全面提升了深圳乃至全國的科研水平。
超算中心主任馮圣中表示，超算的國際競爭，不僅要贏下速度之爭，更要贏下應用之戰。超級計算機是一個城市、一個地區重要的基礎科研設施。未來發展趨勢一是計算能力會大幅提升，目前都是P級的計算機，未來國家會部署更多E級計算機，計算能力大幅提升；二是要在超級計算機應用技術上下大力氣，超級計算機應用的需求會越來越大。“我們倡導成立國家超算應用中心，讓數據驅動科技創新，讓超級計算機在生命周期內發揮更大的效能。”馮圣中一席話，讓記者對超算中心的未來更是滿懷憧憬。